ФГБУ «ЦЛАТИ по СЗФО» находится в ведении Федеральной службы по надзору в сфере природопользования (Росприроднадзор). Целью деятельности Учреждения является осуществление мер в области охраны окружающей среды в части, касающейся ограничения негативного воздействия на окружающую среду.